设置、模型、插件与存储
Settings 分为 General、Models、Providers、Execution、Plugins、Storage 和 About。改变 provider 或 model routing 会重启桌面 Runtime；保存前先确保没有需要立即完成的活动操作。
General
- Theme：System、Light、Dark。选择后立即预览，点击 Save 持久化。
- Language：English 或简体中文，切换后立即生效并保存在当前设备。
侧栏折叠状态也保存在本机浏览器存储中。外观偏好不进入研究契约或事件流。
Providers
Provider 定义“如何连接模型服务”，不等同于模型角色。当前桌面编辑器支持：
| API format | 可用 structured output |
|---|---|
| OpenAI Responses | JSON Schema |
| OpenAI-compatible Chat Completions | JSON Schema、JSON Object、Tool Call |
| Anthropic Messages | JSON Schema、Tool Call |
远程 provider
- 输入稳定的小写名称；
openai与anthropic使用内置协议，其他名称表示兼容服务。 - 选择 API format。
- 内置 OpenAI 的 Base URL 可空；其他远程 provider 必须填写绝对 HTTP(S) Base URL。
- 填写该服务实际支持的 model ID。界面中的默认值或文档占位符不是账户可用性保证。
- 选择对端真正支持的 structured output 模式。
- 输入 API key，Save provider，然后 Test connection。
密钥只写入操作系统 Keychain/Credential Manager/Secret Service；Runtime 配置只保留 provider、endpoint、model、格式和环境变量名。编辑已有 provider 时密钥可留空以保留原值。Remove 会删除该 provider 及保存的凭据，但历史任务仍可阅读。
OpenAI API 的官方 quickstart 也建议把 key 当作环境凭据而不是写进程序或研究 YAML，参见 OpenAI API quickstart。
Local Codex login
Scientific Agent 可以复用当前机器上官方 Codex CLI 的已登录会话：
codex login
完成浏览器登录后返回 Settings → Providers 并点击 Detect again。应用会通过已安装的 CLI 获取当前可见模型目录，在 Codex model 输入框中提供这些模型 ID，同时仍允许填写已通过同一登录验证的其他模型。然后点击 Use local Codex 和 Test connection。应用只记录可执行文件位置、版本与模型设置，不复制或保存 Codex 登录凭据。官方认证说明见 Codex authentication。
若 CLI 未在桌面进程的 PATH 中，检测会显示 not found。应从与桌面会话相同的用户环境安装/登录，再重启应用；不要把个人 token 写入 Scientific Agent 设置文件。
Models
Model Plane 有三个固定角色：
- Scientific Reasoning：选择研究策略、证据和下一动作；
- Code Generation：实现已经批准的实验/分析请求；
- Code Repair：只修复语法、接口、shape、序列化等有限实现错误，不能改变科学策略。
打开 Use one model for all functions 时，Scientific Reasoning 的选择同步到另外两项，对应 strong_only。关闭后可分别选择 provider/model，对应 role_separated。保存会验证引用并重启 Runtime，这些配置是新任务的默认值。已有且尚未终结的任务可在 Control Room → State → Active models → Switch models 记录任务专属路由更新，并从下一次模型调用开始生效。若刚修改了同名 provider 的 endpoint、API format 或 structured-output 模式，也应在已有任务中重新提交一次 Switch models；即使界面上的 provider/model 名称没有变化，Runtime 仍会刷新任务保存的协议配置，同时保留该角色已有的 temperature、timeout、最大输出 token、重试和 schema-repair 执行策略。
Desktop 的模型模板还会携带非密钥的 temperature。名称恰好为 deepseek 的 provider 会对三个角色显式使用 temperature=0.0，避免不同机器继承到不同的服务端默认采样行为；其他 provider 不主动设置 temperature，继续使用其原生默认值。任务内 Switch models 会把这个值与所选模板一起保存和审计。
选择 codex-cli 后，可在 Reasoning effort 中保留模型默认值或指定思考等级。对于 CLI
已报告的模型，界面只显示该模型声明支持的等级；Scientific Agent 会在每次 Codex CLI
调用时显式传入该值，不继承 ~/.codex/config.toml。
即使三项用了不同模型，系统仍只有一个 Scientific Reasoner。Code Generation 和 Code Repair 不是额外研究代理，无权改变 goal、criteria、数据计划或宣布 DONE。
Execution
此页只显示实际可用的执行器。安装版显示 Bundled scientific Python environment，开发模式显示当前 Python 环境。Local Executor 会在 Linux、macOS 和 Windows 的独立 action workspace 中启动生成代码，过滤凭据并限制超时和声明输出；它不是操作系统沙箱，进程仍有当前用户的文件系统和网络权限。
Plugins
插件管理器分为 Installed 与 Available：
- Install：把本地 available 包复制到受管理的 installed 目录，并用自带
uv为该插件准备独有的不可变依赖环境；这一步不导入插件代码； - Enable：在隔离 worker 中探测/导入 entrypoint 并注册 capability；
- Disable：注销 capability 并停止 worker，但保留包、环境和持久状态；
- Choose ZIP：导入一个自包含自定义包；当前版本没有远程插件市场。
选择插件后可查看 version、Core/Domain 分类、domain、状态、capabilities/aliases、依赖、隔离/环境标识、输入/输出产物和完整 manifest。依赖准备由应用自动完成，不会修改 Runtime Core、其他插件或系统 Python。
这条受管理下载链路默认直接使用国内镜像：Python 包来自清华 TUNA 的 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/pypi/web/simple/，隔离 CPython 运行时来自南京大学保留历史版本的 https://mirrors.nju.edu.cn/github-release/astral-sh/python-build-standalone/。运维人员可在启动 Desktop 前通过 SCIENTIFIC_AGENT_PLUGIN_PACKAGE_INDEX 和 SCIENTIFIC_AGENT_PLUGIN_PYTHON_MIRROR 指定其他不含凭据的 HTTPS 地址；把对应变量设为空字符串即可恢复安装器的上游源。隔离安装器仍不会继承用户的通用 UV_* 索引配置。
ZIP 安装先验证但不执行代码，成功后仍需人工检查 manifest 再 Enable。worker 隔离能防止依赖冲突，但不是 OS 安全沙箱；启用后的插件仍有当前用户的本地权限。包限制和开发规范见插件 SDK 参考。
经过审核的内置集合包含 beam.xsuite、evaluation.classification、evaluation.regression、ml.symbolic_regression.builtin、scientific.analysis、scientific.knowledge 和 scientific.report。Xsuite 依赖仍不进入 Runtime Core，而是在插件环境中解析。通用 PySR 符号回归 provider 随应用出现在 Available 中，按需安装后使用受管理 worker 路径；其他专用与自定义插件在提供包后也走同一路径。
Storage
此页显示 Scientific Data Location、总大小、Run 数和 Artifact 数，并提供：
- Open Folder：打开科学数据目录；
- Change Location：选择新位置并由桌面 Runtime 切换；
- Export Backup：在
exports/backups/创建恢复型 ZIP。
Runtime backup 包含 runs、artifacts、models、reports 和带每个文件 hash 的 backup.json，适合机器层恢复。它不同于成功任务的 Scientific Package；后者只面向使用和分享结果。
移动数据时目标目录必须为空，且源/目标不能互相包含。迁移采用 copy → hash verify → atomic switch；校验成功后才移除源组件。不要在应用运行时用文件管理器手工剪切 runs/。
About
显示 Desktop/Runtime 版本、Runtime health、本地 API 会话保护、executor 状态和清理后的诊断信息。Open Logs Folder 用于排查启动或 sidecar 问题。Updates 当前显示 not configured，不能作为在线升级入口。