设置、模型、插件与存储
Settings 分为 General、Models、Providers、Execution、Plugins、Storage 和 About。改变 provider 或 model routing 会重启桌面 Runtime；保存前先确保没有需要立即完成的活动操作。
General
- Theme：System、Light、Dark。选择后立即预览，点击 Save 持久化。
- Language：English 或简体中文，切换后立即生效并保存在当前设备。
侧栏折叠状态也保存在本机浏览器存储中。外观偏好不进入研究契约或事件流。
Providers
Provider 定义“如何连接模型服务”，不等同于模型角色。当前桌面编辑器支持：
| API format | 可用 structured output |
|---|---|
| OpenAI Responses | JSON Schema |
| OpenAI-compatible Chat Completions | JSON Schema、JSON Object、Tool Call |
| Anthropic Messages | JSON Schema、Tool Call |
远程 provider
- 输入稳定的小写名称；
openai与anthropic使用内置协议，其他名称表示兼容服务。 - 选择 API format。
- 内置 OpenAI 的 Base URL 可空；其他远程 provider 必须填写绝对 HTTP(S) Base URL。
- 填写该服务实际支持的 model ID。界面中的默认值或文档占位符不是账户可用性保证。
- 选择对端真正支持的 structured output 模式。
- 输入 API key，Save provider，然后 Test connection。
密钥只写入操作系统 Keychain/Credential Manager/Secret Service；Runtime 配置只保留 provider、endpoint、model、格式和环境变量名。编辑已有 provider 时密钥可留空以保留原值。Remove 会删除该 provider 及保存的凭据，但历史任务仍可阅读。
OpenAI API 的官方 quickstart 也建议把 key 当作环境凭据而不是写进程序或研究 YAML，参见 OpenAI API quickstart。
Local Codex login
Scientific Agent 可以复用当前机器上官方 Codex CLI 的已登录会话：
codex login
完成浏览器登录后返回 Settings → Providers，点击 Detect again，填写已验证可用的 Codex model，然后 Use local Codex 和 Test connection。应用只记录可执行文件位置、版本与模型设置，不复制或保存 Codex 登录凭据。官方认证说明见 Codex authentication。
若 CLI 未在桌面进程的 PATH 中，检测会显示 not found。应从与桌面会话相同的用户环境安装/登录，再重启应用；不要把个人 token 写入 Scientific Agent 设置文件。
Models
Model Plane 有三个固定角色：
- Scientific Reasoning：选择研究策略、证据和下一动作；
- Code Generation：实现已经批准的实验/分析请求；
- Code Repair：只修复语法、接口、shape、序列化等有限实现错误，不能改变科学策略。
打开 Use one model for all functions 时，Scientific Reasoning 的选择同步到另外两项，对应 strong_only。关闭后可分别选择 provider/model，对应 role_separated。保存会验证引用并重启 Runtime，只对新任务生效。
即使三项用了不同模型，系统仍只有一个 Scientific Reasoner。Code Generation 和 Code Repair 不是额外研究代理，无权改变 goal、criteria、数据计划或宣布 DONE。
Execution
此页只显示实际可用的执行器。安装版显示 Bundled scientific Python environment，开发模式显示当前 Python 环境。Local Executor 可用并不等于安全沙箱：生成代码作为当前用户的本地子进程执行。
Plugins
插件管理器分为 Installed 与 Available：
- Install：把本地 available 包复制到受管理的 installed 目录；
- Enable：检查依赖、导入 entrypoint 并注册 capability；
- Disable：注销 capability，但保留包和持久状态；
- Choose ZIP：导入一个自包含自定义包。
选择插件后可查看 version、Core/Domain 分类、domain、状态、capabilities/aliases、依赖、输入/输出产物和完整 manifest。缺少依赖时 Enable 按钮禁用；Runtime 只报告依赖，不会自动运行 pip。
ZIP 安装先验证但不执行代码，成功后仍需人工检查 manifest 再 Enable。启用是信任决定：插件代码与 Runtime 同权限运行。包限制和开发规范见插件 SDK 参考。
Storage
此页显示 Scientific Data Location、总大小、Run 数和 Artifact 数，并提供：
- Open Folder：打开科学数据目录；
- Change Location：选择新位置并由桌面 Runtime 切换；
- Export Backup：在
exports/backups/创建恢复型 ZIP。
Runtime backup 包含 runs、artifacts、models、reports 和带每个文件 hash 的 backup.json，适合机器层恢复。它不同于成功任务的 Scientific Package；后者只面向使用和分享结果。
移动数据时目标目录必须为空，且源/目标不能互相包含。迁移采用 copy → hash verify → atomic switch；校验成功后才移除源组件。不要在应用运行时用文件管理器手工剪切 runs/。
About
显示 Desktop/Runtime 版本、Runtime health、本地 API 会话保护、executor 状态和清理后的诊断信息。Open Logs Folder 用于排查启动或 sidecar 问题。Updates 当前显示 not configured，不能作为在线升级入口。